Os Programas Cooperativos do IPEF envolvem ações de pesquisa, desenvolvimento tecnológico e articulações estratégicas, em temas específicos, com foco em resultados inovadores, mediante interação entre pesquisadores e técnicos especialistas de empresas, institutos, universidades e demais entidades nacionais e internacionais. O modelo proporciona redução de prazos e custos de projetos, maximizando resultados. Para isso, concorre o fato de que os objetivos, metas, orçamentos e destinação de recursos, são definidos conjuntamente entre todos os envolvidos.
EUCFLUX - Programa Cooperativo sobre Produtividade e Fluxos de Carbono e Água em Eucalyptus (Fase 2): Tem por objetivo entender os processos que controlam a produtividade florestal e suas relações com o uso de recursos (água, nutrientes, carbono e luz) utilizando as bases teóricas da Ecofisiologia, quantificando, de forma temporalmente detalhada, as entradas e saídas desses recursos em plantio de Eucalyptus, numa ampla escala de paisagem.
ModProd - Programa Cooperativo sobre Modelagem da Produtividade de Florestas Plantadas de Eucalyptus: Trata da modelagem da produtividade de Eucalyptus, mediante a consolidação de bancos de dados de diferentes projetos de pesquisa já realizados no IPEF, sobre Ecofisiologia e modelagem de plantações, com abordagens ecofisiológicas propriamente ditas e híbridas, gerando estimativas com potencial efetivo de implementação para aplicação no planejamento florestal.
PCCF - Programa Cooperativo sobre Certificação Florestal: Fundamenta-se na orientação teórico prática, troca de informações cientificas e experiências sobre a certificação florestal, interagindo e articulando empresas, certificadoras, universidades e instituições de pesquisa, no sentido de oportunizar o bom manejo florestal, através de princípios e critérios que atestam e reforçam o reconhecimento da sociedade em relação às empresas e suas ações de responsabilidade socioambiental, baseadas no conceito de desenvolvimento sustentável.
PCMAF - Programa Cooperativo sobre Mecanização e Automação Florestal: Vincula-se com estudos sobre mecanização e automação das operações silviculturais, visando o aumento da produtividade e da qualidade de seus processos, atuando na prospecção e avaliação de equipamentos e máquinas florestais, além de procurar incrementar a representatividade do setor nesse mercado.
PCMF - Programa Cooperativo sobre Melhoramento Florestal: Tem como objetivo compor um acervo, em rede, possibilitando a conservação “ex situ”, a manutenção, ampliação e disponibilização de materiais genéticos de Eucalyptus, atuando em diversas linhas de pesquisa focados na formação de populações base, mediante o resgate e importação de germoplasma e a identificação de indivíduos superiores para cruzamentos e hibridações, aplicando ferramentas quantitativas e moleculares, gerando populações melhoradas.
PCoppice - Programa Cooperativo sobre Produtividade da Brotação de Clones de Eucalyptus: Tem como objetivo principal avaliar a produtividade de plantios clonais de Eucalyptus em manejo de talhadia em um gradiente climático no Brasil, comparativamente à primeira rotação, gerando, sob o ponto de vista prático, resultados visando o aprimoramento das recomendações de florestas de Eucalyptus submetidas à este regime, como a adequada escolha de áreas a serem manejadas, bem como o aprimoramento de práticas silviculturais deste sistema silvicultural.
PPGF - Programa de Preparação de Gestores Florestais: Dentre os objetivos do IPEF, consta a capacitação de profissionais que atuam na área florestal, incluindo-se Engenheiros Florestais recém-formados nas diversas escolas do Brasil, mediante o oferecimento do PPGF, na proposta de aproximá-los, numa intensa imersão, de profissionais com vasta experiência de atuações na academia e, sobretudo, em empresas que atuam no setor, visando o aprofundamento de conceitos administrativos e financeiros para melhor entender o negócio florestal, o desenvolvimento de competências e habilidades para trabalhar com equipes, capacitando-os para terem melhor desempenho profissional no início de suas carreiras.
PPPIB - Programa Cooperativo sobre Pesquisa do Pinus no Brasil: Visa aprimorar, de forma rápida e eficiente, o conhecimento sobre a cultura do Pinus, congregando esforços nos estudos dos processos silviculturais e qualidade operacional, incluindo às interações destas florestas com o meio-ambiente, no tocante à sustentabilidade da produção e sua associação com a eficiência do uso dos recursos disponibilizados.
PROMAB - Programa Cooperativo de Monitoramento e Modelagem em Microbacias Hidrográficas: Atua na avaliação dos efeitos das florestas plantadas sobre a quantidade e a qualidade de água, mediante o monitoramento de microbacias hidrográficas, visando a melhoria contínua do manejo florestal, compreendendo análises individuais e globais das microbacias, possibilitando análises hidrológicas destinadas à identificação de similaridades, tendências e comportamentos das relações entre o manejo de florestas plantadas e a água, em termos de quantidade e qualidade, assim como a indicação da similaridade hidrológica de diferentes regiões.
PROTEF - Programa Cooperativo sobre Proteção Florestal: Tem por objetivos básicos o levantamento, a identificação e o controle de insetos e doenças que atingem as plantações florestais, com prioridade para controle biológico, além de ações relacionadas ao controle de incêndios florestais, tendo sob sua coordenação vários projetos de pesquisa e de extensão sobre os temas.
PTSM - Programa Cooperativo sobre Silvicultura e Manejo: Desenvolve projetos de pesquisa, que objetivam fornecer embasamento científico e técnico para a tomada de decisão operacional das empresas na área de silvicultura e manejo florestal, além de promover reuniões técnicas e a manutenção de um fórum, visando a divulgação de resultados e a promoção de debates e intercâmbio de experiências sobre práticas silviculturais, com destaque em novas tecnologias, complementados por cursos de capacitação, seminários, simpósios e workshops, que objetivam atualizar e reciclar os conhecimentos sobre o tema, buscando contribuir para o aperfeiçoamento dos profissionais e a formação de mão de obra capacitada.
SilviCarbo - Fórum de Discussão e Ações Relacionadas ao Estoque e Sequestro de Carbono na Silvicultura Brasileira: Visa a proposição, discussão e implantação de ações para atendimento de demandas das suas empresas associadas, compreendendo o tema do carbono em plantações florestais e florestas nativas. A iniciativa foi desenhada sob a ótica do enfoque técnico e estratégico, subsidiado por dados e informações científicas.